Madalas magkuwento si Abe Portman sa kanyang apo na si Jake tungkol sa pakikipaglaban sa mga halimaw at paggugol ng kanyang pagkabata sa "Miss Peregrine's Home for Peculiar Children" sa Cairnholm, Wales. Ang mga bata sa bahay at ang kanilang punong-guro, si Miss Alma Peregrine, ay nagtataglay ng mga paranormal na kakayahan at kilala bilang "Peculiars". Ngayon si Abe ay pinatay at dinukot ang mata. Ngayon si Abe ay
Kasunod sa payo mula kay Dr. Golan, si Jake ay naglakbay sa United Kingdom upang pumunta sa Cairnholm kasama ang kanyang ama na si Frank upang siyasatin ang bahay ng mga bata, at nalaman na nawasak ito sa isang pagsalakay sa Luftwaffe. Binalikan ni Jake ang sirang bahay at nakita ni Jake ang mga bata mula sa mga kuwento ni Abe. Dinala nila siya sa isang portal at napunta siya sa taong 1943, nang buo pa ang bahay. Binati siya ni Miss Peregrine at ipinaliwanag na kabilang siya sa isang klase ng mga babaeng Peculiar na nagngangalang "Ymbrynes", na maaaring maging mga ibon (sa kaso ni Miss Peregrine, isang peregrine falcon) at manipulahin ang oras. Upang maiwasan ang pag-uusig para sa pagiging Peculiars, siya at ang mga bata ay nagtatago mula sa labas ng mundo sa isang time loop na nilikha niya, na ma-access lamang ng Peculiars at nakatakda sa Setyembre 3, 1943, na pinapayagan silang mabuhay sa parehong araw nang paulit-ulit at maiwasan ang pagtanda hangga't manatili sa loob nito.
Si Jake ay ipinakilala sa natitirang mga bata, kabilang ang aerokinetic na si Emma Bloom, na naging crush niya. Nalaman ni Jake na siya mismo ay isang Peculiar at tulad ng kanyang lolo, ay may kakayahang makita ang mga invisible na halimaw mula sa mga kwento ni Abe, na tinatawag na "Hollowgasts" (o "Hollows"). Ang mga Hollowgast ay nabuo mula sa isang palpak na eksperimento ng isang Peculiar na pumatay sa isang Ymbryne upang subukan kung magiging imortal ba siya. Pinangunahan ng leader nila na si G. Barron, ang paghahanap ng mga Peculiar upang ubusin ang kanilang mga eyeballs. Ang pagkain sa mga eyeballs ng bata ang magpapabalik ng kanilang anyong tao. Puting puti ang kanilang mga mata ng mga Peculiar upang ubusin ang kanilang mga eyeballs, na nagpapahintulot sa kanila na mabawi muli ang anyo ng tao, ngunit may mga puting puti ang mata, na pinangalanang "Wights".
Dumating ang isang sugatang Ymbryne na nagngangalang Miss Avocet at ipinaliwanag na sinugod siya ni Barron sa kanyang time loop noong Enero 2016 sa Blackpool, England, pinatay ang mga bata, at sinusubukang ulitin ang nabigo niyang eksperimento sa pamamagitan ng paggamit ng mas maraming Ymbrynes.Naghanda si Miss Peregrine na lumipat kasama ang mga bata at Miss Avocet, matapos malaman mula kay Jake na ang isang Hollow ay maaaring nasa isla sa kasalukuyan pagkatapos napatay ang mga tupa. Bumalik si Jake sa 2016, nakita niya ang bangkay ng isang Hollow, bumalik siya sa portal upang balaan ang kanyang mga kaibigan na malapit na ang Hollow. Ngunit nasundan siya ng isa ring bisita sa isla ang ornithologist na si John Lamont, na isiniwalat na siya G. Barron.
Inihayag ni Barron na sinubukan niyang kunin ang lokasyon ng loop ni Ms. Peregrine mula kay Abe, ngunit ang kanyang gutom na kasama na Hollow, si G. Malthus (ang nasa isla), ay pumatay kay Abe bago niya ito magawa. Pagkatapos ay nagpanggap siya bilang Dr. Golan at hinimok si Jake na pumunta sa isla upang maiakay niya siya sa loop. Gamit si Jake bilang isang hostage sa bahay ng mga bata, pinilit ng Barron si Miss Peregrine na sumama sa kanya at mag-anyong ibon at dadalhin siya sa Blackpool, naiwan si Jake, ang iba pang mga bata at si Miss Avocet.
Dumating at pinatay ni Malthus si Miss Avocet, ngunit nakatakas sina Jake at ang mga bata tulad ng pagsalakay ng Luftwaffesa bahay, yun din ang ikinamatay ni Malthus.Nang walang Miss Peregrine upang mai-reset ito, nagsara ang loop, naiwan silang natigil sa taong 1943. Gamit ang isang nalubog na sea liner, naglakbay sila sa Blackpool at pinasok ang loop noong Enero 2016, upang labanan ang mga kaalyado ni Barron at Hollow at iligtas si Miss Peregrine at iba pang bihag na Ymbrynes.
Nagbalatkayo si Barron bilang Jake, para malito ang mga bata na nagsanib pwersa upang patayin siya. Ngunit nang dumating ang huling natitirang Hollow, nakita ito ni Jake at naiwasan ito. Pinatay ng Hollow si Barron at pinaya naman ni Jake ang Hollow.
Bago magsara ang loop ng oras, nagpaalam si Jake sa mga bata sa kanilang paglabas at bumalik sa kanilang barko noong 1943 habang siya ay nananatili sa 2016, umuwi sa Florida at isinalaysay ang kanyang mga pakikipagsapalaran kay Abe, na buhay at maayos: Ang pagkamatay ni Barron sa simula ng 2016 ang nagbura at naiwasan ang pag-atake kay Abe. Binigyan ni Abe si Jake ng isang mapa ng mga international time loop, pinapayagan si Jake na muling makasama ang kanyang mga kaibigan at si Emma noong 1943. Ang dalawa ay nagkumpisal ng kanilang damdamin para sa isa't isa at naghalikan. Ang mga bata at Miss Peregrine ay naglayag ng kanilang sariling barko.
Cast:
Eva Green ... Miss Peregrine
Asa Butterfield ... Jake
Samuel L. Jackson ... Barron
Chris O'Dowd ... Frank
Terence Stamp ... Abe
Ella Purnell ... Emma
Finlay MacMillan ... Enoch
Lauren McCrostie ... Olive
Hayden Keeler-Stone ... Horace
Georgia Pemberton ... Fiona
Milo Parker ... Hugh
Raffiella Chapman ... Claire
Pixie Davies ... Bronwyn
